学校设有临床医学部、基础医学院、药学院、中医学院、蒙医药学院、口腔医学院、公共卫生学院、卫生管理学院、外国语学院、计算机信息学院、护理学院、研究生学院、国际教育学院、继续教育学院、思想政治理论教研部、体育教学部、鄂尔多斯分院等17个教学单位.
