该校共设7个学院：
人文与科学、地球科学、工程学、医学、法律、商业、教育等。学生中，大学生与研究生几乎各占一半。斯大的主要学术机构，除胡佛研究所和体育运动娱乐部外，还有商业研究生院，法学院，教育学院，工学院，地球科学学院，文理学院，医学院等。
现设有8个研究生院，
即商业研究生院、地球科学学院、教育学院、工程学院、人文学和自然科学学院、跨学科专业学院、法学院、医学院。附属的重要科研机构和实验室有：斯坦福直线加速器实验室，胡佛战争、革命与和平研究所，霍普金斯海洋研究站，斯坦福电子实验室，物理实验室，国际问题研究中心，能源研究所。
据立思辰留学360介绍，其中重要学科提起斯坦福大学的重点学科，那莫过于企业管理研究所及法律学院，这2方面的教育质量在美国是名列前茅的，特别是法学院更是在众多美国法学院中屈指可数。在美国最高法院的九名大法官中，其中6位是来自于斯坦福大学的法学院。除此之外，该校的英语、心理学、政治和历史系也都是非常受人关注的院系。斯大的生物学科也具有非凡的实力，是修读人数多的学科，紧接着分别为经济、心理学、英文、政治科学。
